בית הספר פועל במתכונת של יום לימודים ארוך וכלל ארוחת צהריים חמה ומגוון פעילויות משלימות בשעות אחר הצהריים.

כפר הנוער גאה להציג, כי כ- 70% מבוגריו זכאים לתעודת בגרות איכותית, מרביתם ברמה של 4-5 יח' לימוד. אווירה נעימה ואינטימית בכיתות הלימוד (עד 30 תלמידים) בשילוב יחס אישי תורמים לאחוז ההצלחה הגבוה של חניכי הכפר בבחינות הבגרות. 

כפר הנוער בן שמן מכיר בצרכים השונים של כל אחד ואחד מהחניכים ומציע מגוון רחב מאוד של תוכניות לימוד ומצויינות המאפשרות לכל תלמיד להשתלב בתוכנית המעניינת אותו, למלא אחר שאיפותיו ולמקסם את יכולותיו, באווירה ייחודית של טיפוח יכולות אישיות ומוטיבציה ללמידה.

מגוון רחב של מקצועות מוגברים לבחירה - ביולוגיה, חקלאות, מחשבים, מוסיקה, חינוך גופני, פיסיקה, ומכטרוניקה (רובוטיקה).

פרויקט המצויינות בחטיבת הביניים - שם דגש על מקצועות מדעיים-ריאליים והעשרה מוסיקלית ואף מאפשר השתתפות באולימפיאדות ארציות במתמטיקה ואסטרונומיה. הפרוייקט מציע אווירת למידה מיוחדת, בליווי מצוד של מיטב המורים והמדריכים. מוטיבציה, יכולת למידה במקצועות המדעיים והישגים גבוהים מאפשרים הצטרפות לפרויקט המצויינות, המהווה את הבסיס לפרויקט "עתידים".

פרויקט "עתידים" - פרויקט מצויינות  ייחודי בשיתוף עם צה"ל שתכליתו להכין את התלמידים ללימודים באוניברסיטאות היוקרתיות במסגרת העתודה האקדמאית של צה"ל או עם סיום השירות הצבאי. בפרויקט משתלבים חניכי פרויקט המצויינות של כיתה ט' שנמצאו מתאימים ואליהם מצטרפים תלמידים חדשים שעברו תהליך מיון קפדני בבית הספר. החניכים רוכשים השכלה במקצועות ריאליים- מדעיים (ברמה של 4-5 יחידות לימוד) על ידי טובי המורים וזוכים לתוכנית העשרה מגוונת.

מסלול "אקדמיה תיכונית"- מסלול לימודים לבגרות מלאה הכוללת מינימום של 4 יח' אנגלית המאפשרות קבלה ללימודים אוניברסיטאים ללא צורך בקורסי השלמה.